یک خودکشی مرموز در شهر رخ داده است و ربات‌ها نیز از کنترل خارج شده‌اند. در این بین دو مامور پلیس، عضو گروه ویژه شماره 2، وظیفه دارند تا با استفاده از سرنخ‌های بدست آمده جلوی ویرانی‌ها را بگیرند...

یک مراسم کیمیاگری ناتمام باعث می‌شود بدن دو برادر جوان به نام‌های ادوارد و آلفونس الریک به شدت صدمه ببیند. در ادامه، برادران الریک به جستجوی سنگ فلاسفه می‌پردازند، چون تنها چیزی است که می‌تواند آن‌ها را نجات دهد...

"کویچی اوهارا" یک دانش آموز کلاس چهارم است که در حومه ی توکیو زندگی می‌کند. یک روز، او یک سنگی را پیدا می‌کند که مشخص می‌شود یک "کاپا" است که از خواب زیرزمینی 300 ساله بیدار شده است. کویچی و کاپا به دوستان خوبی برای هم تبدیل می‌شوند و کاپا با خانواده او زندگی می‌کند. با این حال برای کاپا خیلی سخت است که بخواهد مانند یک انسان و با انسان‌ها زندگی کند تا این که در یک روز کویچی با دوستان خود به ماجراجویی می‌رود و ...