آکیتوی هفده ساله که فقط یک سال دیگر زنده است، با شادی بخشیدن به زندگی دختری که فقط شش ماه از عمرش باقی مانده معنای تازه ای در زندگی پیدا می کند.

در دوران پس از جنگ جهانی دوم، وضعیت اقتصادی ژاپن به حداقل می‌رسد و کشور با مشکلاتی روبرو می‌شود. در این شرایط، گودزیلا، هیولای معروف، در ژاپن ظاهر می‌شود و وضعیت کشور را به شدت تحت تاثیر قرار می‌دهد.

یک نوجوان متوجه می‌شود که دارای قدرت های ماوراء طبیعی است که از گذشتگانش به ارث برده، او می‌فهمد که عامل واگذاری این قدرت‌ها از جانب خلافکاران در خطر است و...

داستان فیلم در ژاپن رخ می‌دهد و از سال 1990 شروع شده و در زمان حال به اتمام می‌رسد. این انیمه در سه فصل نشان داده می‌شود: فصل اول «شکوفه‌ی گیلاس»، فصل دوم «فضا‌نورد» و فصل سوم «5 سانتی‌متر بر ثانیه» که مجموع این سه فصل دوران بزرگ شدن پسری به نام تاکاکی تونو را نشان می‌دهند و موضوع بیشتر پیرامون احساسات درونی، دغدغه‌ها و برخورد او و انسان‌های پیرامونش با محیط است...