آینده کره زمین توسط موجوداتی هیولا شکل که به «فرشته» معروف هستند، تهدید می شود. یک سازمان امنیتی بنام NERV برای مقابله با این تهدید گروهی از خلبانان جوان را به کار گرفته است...

"کویچی اوهارا" یک دانش آموز کلاس چهارم است که در حومه ی توکیو زندگی می‌کند. یک روز، او یک سنگی را پیدا می‌کند که مشخص می‌شود یک "کاپا" است که از خواب زیرزمینی 300 ساله بیدار شده است. کویچی و کاپا به دوستان خوبی برای هم تبدیل می‌شوند و کاپا با خانواده او زندگی می‌کند. با این حال برای کاپا خیلی سخت است که بخواهد مانند یک انسان و با انسان‌ها زندگی کند تا این که در یک روز کویچی با دوستان خود به ماجراجویی می‌رود و ...