داستان این انیمه که بر اساس انیمه سریالی «گینتاما» ساخته شده و به عنوان پایان داستان سریال به حساب می آید، از این قرار است که «گینتوکی»، «تاکاسوگی» و «کاتسورا» با نیروهایی که مقر ترمینال را تصرف کرده اند، می جنگند. مادر در بالای مقر، مقادیر زیادی آلتانا را جذب می کند و آن را به کودک شویو می دهد تا او را زنده و جاودانه کند. اما در همین حال حملات شدیدی صورت می گیرد...

دستگاهی که گروهی از دکتران متخصص از آن برای ورود به رویاهای بیمارانشان استفاده می کرده اند دزدیده شده و ممکن است از آن برای مقاصد شومی استفاده شود. هرج و مرج همه جا را فرا گرفته، و تنها یک دکتر زن بنام «پاپریکا» است که می تواند به این وضعیت پایان دهد...

"کویچی اوهارا" یک دانش آموز کلاس چهارم است که در حومه ی توکیو زندگی می‌کند. یک روز، او یک سنگی را پیدا می‌کند که مشخص می‌شود یک "کاپا" است که از خواب زیرزمینی 300 ساله بیدار شده است. کویچی و کاپا به دوستان خوبی برای هم تبدیل می‌شوند و کاپا با خانواده او زندگی می‌کند. با این حال برای کاپا خیلی سخت است که بخواهد مانند یک انسان و با انسان‌ها زندگی کند تا این که در یک روز کویچی با دوستان خود به ماجراجویی می‌رود و ...