فیلم پادشاهی مخفی روایت ماجرای اسرارآمیزی است که برای خواهر و برادری به نام‌های وریتی و پیتر که به ترتیب 9 و 12 سال دارند، اتفاق می‌افتد. داستان از این قرار است که وریتی و پیتر توسط یک سری موجودات رازآلود به سوی یک دنیای پنهانی هدایت می‌شوند که اتفاقا در اتاق خوابشان قرار دارد. حال آن‌ها باید ماموریت مهمی را که بر دوششان قرار گرفته است، به نحو احسن به سرانجام برسانند.

داستان فیلم درباره‌ی پسربچه‌ای به نام "جیک" است که به طور تصادفی با یک دایناسور عجیب و غریب دوست می‌شود، اما شهر محل زندگی‌اش دچار هرج و مرج می‌شود و...