این انیمه، دو داستان «ایشی اوکوشی» و «ایاشیکی رایوهوشا» را روایت می کند. در ایشی اوکوشی، ناتسومه در یک جنگل با یوکای کوچکی به نام میتسومی ملاقات می کند. به میتسومی سپرده شده است تا یوکای الهی «ایواتتسو» را از خواب عمیق بیدار کند؛ میتسومی هم ذهن ناتسومه را سنگین می کند و او تصمیم می گیرد تا به میتسومی کمک کند. در ایاشیکی رایوهوشا، یک بازدید کننده مرموز در مقابل تانوما ظاهر می شود. تقریبا هر روز بازدید کننده ای به دیدار تانوما می آید، کمی با او صحبت کرده و سپس می رود. ناتسومه که می داند بازدیدکننده، یک یوکایی است، نگران تانوما است، اما تانوما از این تبادل اطلاعات با یوکای لذت می برد. اما...

یک دانش‌آموز باهوش دبیرستانی نبردی پنهانی برای از بین بردن مجرمین را آغاز می‌کند. او با نوشتن نام این افراد در دفتری خاص، جان آنها را می‌گیرد.