داستان این انیمه که بر اساس انیمه سریالی «گینتاما» ساخته شده و به عنوان پایان داستان سریال به حساب می آید، از این قرار است که «گینتوکی»، «تاکاسوگی» و «کاتسورا» با نیروهایی که مقر ترمینال را تصرف کرده اند، می جنگند. مادر در بالای مقر، مقادیر زیادی آلتانا را جذب می کند و آن را به کودک شویو می دهد تا او را زنده و جاودانه کند. اما در همین حال حملات شدیدی صورت می گیرد...