بیست سال پس از رویدادهای انقلاب‌های ماتریکس، نئو در ظاهر عادی تحت هویت اصلی‌اش به عنوان توماس اندرسون در سان فرانسیسکو زندگی می‌کند و یک روانشناس به او برای مقابله با چیزهای عجیب و غریب و غیرطبیعی که او گاهی اوقات می‌بینید قرص‌های آبی تجویز می‌کند. با این حال، نسخهٔ جدیدی از مورفئوس قرص سرخ را به او پیشنهاد و ذهنش را دوباره به دنیای ماتریکس باز می‌کند، دنیایی که در سال‌های پس از آلودگی مامور اسمیت خطرناک‌تر شده‌است…