داستان در مورد ویلی وانکای جوان می‌باشد که مملو از ایده‎های مختلف و مصمم به تغییر جهان به مکانی دلپذیر است. این فیلم داستان شگفت‌انگیزی را روایت می‌کند که چگونه بزرگترین مخترع، شعبده‌باز و شکلات‌ساز جهان، به ویلی وانکای محبوبی تبدیل شد که امروز می‌شناسیم و…

«مسئله‌ سه جرم» روایت‌گر سرگذشت «یه ونجی» است که به دنبال مرگ پدرش به دست «محافظین سرخ» در حین «انقلاب فرهنگی»، می‌کوشد به بیگانگان فضایی برای تهاجم به زمین کمک کند.