داستان فیلم یکسال پس از وقایع قسمت نخست که طی آن لاکپشت های نینجا اجازه ندادند ویروس مرگبار توسط "شریدر" در نیویورک منتشر شود، رخ می دهد. خبر می رسد شریدر توانسته از از چنگال قانون بگریزد. وی پس از فرار از زندان به سراغ یک دانشمند دیوانه به نام استوکمن می رود تا با استفاده از قابلیت های او، تعدادی هیولای کله گنده برای پیشبرد اهدافش خلق کند...

داستان سریال گاتهام از اولین روزهایی که کارآگاه جیمز گوردون به اداره‌ی پلیس شهر گاتهام می‌پیوندد ، شروع می‌شود و افسر ارشد کلانتری آنجا طی اتفاقاتی کارآگاه جیمز گوردون و هاروی بولاک را انتخاب می‌کند و آنها قرار است بر روی اسرارآمیزترین پرونده‌ی حل نشده‌ی شهر گاتهام تحقیقاتشان را آغاز کنند. اما...