بیست سال پس از رویدادهای انقلاب‌های ماتریکس، نئو در ظاهر عادی تحت هویت اصلی‌اش به عنوان توماس اندرسون در سان فرانسیسکو زندگی می‌کند و یک روانشناس به او برای مقابله با چیزهای عجیب و غریب و غیرطبیعی که او گاهی اوقات می‌بینید قرص‌های آبی تجویز می‌کند. با این حال، نسخهٔ جدیدی از مورفئوس قرص سرخ را به او پیشنهاد و ذهنش را دوباره به دنیای ماتریکس باز می‌کند، دنیایی که در سال‌های پس از آلودگی مامور اسمیت خطرناک‌تر شده‌است…

داستان در مورد مرد جوانی است که مرتکب قتل شده و هم اکنون با عواقب کار خود در زندان روبرو شده و...

ساشا و مارکوس که در دوران کودکی دوستان یکدیگر بوده‌اند ، دست زمانه آنها را به مدت پانزده سال از یکدیگر جدا می‌سازد. تا اینکه یک روز ساشا مارکوس را در سان فرانسیسکو ملاقات می‌کند و علارقم گذشت تمامی این سال‌ها هنوز هم برق امید و حال و هوای دوران کودکی در چشمان هر دوی آنها می‌درخشد. اما…