داستان سریال گاتهام از اولین روزهایی که کارآگاه جیمز گوردون به اداره‌ی پلیس شهر گاتهام می‌پیوندد ، شروع می‌شود و افسر ارشد کلانتری آنجا طی اتفاقاتی کارآگاه جیمز گوردون و هاروی بولاک را انتخاب می‌کند و آنها قرار است بر روی اسرارآمیزترین پرونده‌ی حل نشده‌ی شهر گاتهام تحقیقاتشان را آغاز کنند. اما...