بعد از انفجار در یک کارخانه که به نحو عجیبی یک شهر را در زمان یخ‌زده می‌کند، دو دانشجو با یک کودک وحشی مرموز روبرو می‌شوند. این قابلیت منحصربه‌فرد باعث شورش عشقی می‌شود که تحریک شده توسط ناامیدی‌های زندگی روزمره آنها، و این عشق آغاز به ویران کردن دنیای آنها می‌کند.

در توکیو آینده، یک هکر یتیم نوجوان در یک پرونده قتل مرتبط با یک باند مواد مخدر گرفتار می‌شود پس از آنکه به موتورسواران طرد شده کمک می‌کند، و شکاف تاریک شهر را که زیر ظاهری ایده‌آل پنهان شده است، آشکار می‌کند.

داستان سریال انیمه در آینده‌ای نزدیک قرار داده شده و نبرد میان چند انسان باقی مانده و ارتش ماشین‌ها را روایت می‌کند. هوش مصنوعی موسوم به «اسکای‌نت» به خودآگاهی رسیده و جنگ با انسان‌ها را شروع کرده اما سربازی به گذشته و سال 1997 فرستاده می‌شود تا سرنوشت بشر را تغییر دهد. این زن در آن سال باید از دانشمندی به نام «مالکم لی» محافظت کند که در حال کار بر روی یک هوش مصنوعی جدید و مکمل برای «اسکای‌نت» است.